Краеведческий музей был основан местными любителями истории. Главной целью этого сообщества стало изучение местной истории и коллекционирование предметов быта. Вскоре коллекция изделий выросла и стала настолько большой и интересной, что участники приняли решение открыть доступ к ней для широкой публики, и в 1909 году коллекция переехала в одно из зданий на улице Элеванди.
В период Второй мировой войны, в музее случился пожар, который уничтожил большую часть коллекции. После пожара краеведческий музей был перевезен на улицу Аиа. Позже, в советское время, музею выделили новое здание.
В 2011 году Пярнуский краеведческий музей переехал на новое место, а в 2012 году была открыта новая экспозиция «11 тысячелетий истории – опыт минувших времен». Новая коллекция представляет собой экспозицию, охватывающую период от каменного века до наших дней. Множество предметов старины, новые интересные факты, специальные игры и уголки «живых» впечатлений помогут посетителям глубже прочувствовать атмосферу минувших веков.
На входе в музей расположено судно XIV века, которое принадлежало ганзейскому союзу. А через стеклянный пол можно рассмотреть стену средневекового города и уцелевшие столбы ворот, через которые некогда в ганзейский город приходили все прибывшие люди и товары из порта Нового Пярну.
В музее представлены артефакты с древнейших времен и до наших дней, например, знаменитая двойная пивная кружка 1785 года.